Pada kanak-kanak kecil, sekiranya berlaku keabnormalan hormon, rawatan mungkin terdiri daripada suntikan Testosteron, dos dan keteraturan yang ditetapkan oleh ahli endokrinologi. Rawatan yang diikuti dengan baik ini meningkatkan saiz zakar. Apabila mikropenis disebabkan oleh tisu zakar yang tidak sensitif terhadap testosteron, rawatan hormon ini tidak memberi kesan.

Lebih awal mikropenis dikesan, lebih cepat rawatan dilakukan, lebih berkesan. Rawatan juga mungkin diperlukan sekitar akil baligh. Selepas akil baligh, rawatan hormon tidak lagi berkesan kerana tisu tidak lagi bertindak balas dengan cara yang sama.

Rawatan pembedahan mikropenis     

Pada masa dewasa, apabila mikropenis tidak dirawat atau apabila rawatan tidak cukup berkesan, surgeri/pembedahan, adalah mungkin. Walau bagaimanapun, ia tidak selalu memberikan hasil yang meyakinkan.

Bahagian ligamen penggantungan zakar, yang pergi dari zakar ke pubis, boleh ditawarkan. Ia tidak mengubah suai zakar dalam apa-apa cara tetapi sebahagiannya melepaskannya daripada pubis, menjadikannya kelihatan lebih panjang. Keuntungan yang diperhatikan ialah 1 hingga 2 cm dalam keadaan lembik dan 1,7 cm dalam ereksi. Pemanjangan ini diperoleh dengan kos zakar tegak yang tidak stabil, kerana ia kurang melekat pada pubis, yang boleh menjadikan penembusan kurang mudah.

THEsuntikan lemak autologous melibatkan menyuntik lemak subjek di bawah kulit zakarnya. Ini tidak memanjangkan zakar dalam apa cara sekalipun, tetapi secara visual menjadikannya lebih tebal. Hanya sebahagian daripada lemak yang diletakkan tidak diserap oleh badan dari masa ke masa (10 hingga 50% bergantung kepada subjek). Penyerapan mungkin tidak sekata dan membawa kepada penampilan zakar "tasbih".

Mikropenis boleh mempunyai kesan psikologi yang ketara, terutamanya semasa remaja, adalah penting bahawa orang itu dibantu dan keraguannya diambil kira.